3 Flotylla Okrętów jest uderzeniowym związkiem taktycznym Marynarki Wojennej. Jej siłę stanowią fregaty, korwety i okręty podwodne wchodzące w skład dywizjonów Okrętów Bojowych i Okrętów Podwodnych. Jednostki 3 Flotylli Okrętów odpowiadają również za szkolenie i ratowanie na morzu (dywizjon Okrętów Wsparcia), obronę wybrzeża (43 batalion saperów i 9 dywizjon przeciwlotniczy) oraz zabezpieczenie logistyczne rejonu działań (Komenda Portu Wojennego Gdynia).

Ponad 3 tysiące marynarzy służących w 3 Flotylli Okrętów stacjonuje w największej polskiej bazie morskiej w Gdyni oraz w jednostkach na półwyspie helskim, w Rozewiu i w Ustce. Siły 3 Flotylli Okrętów aktywnie uczestniczą w krajowych i międzynarodowych ćwiczeniach i operacjach bojowych.

3 Flotylla Okrętów łączy wykonywanie zadań o charakterze narodowym z misjami zagranicznymi. Stanowi podstawę sił uderzeniowych Marynarki Wojennej w narodowych ćwiczeniach Sił Zbrojnych RP pod kryptonimem ANAKONDA oraz w manewrach polskich sił morskich. Siły 3 Flotylli Okrętów cyklicznie uczestniczą również w najważniejszych ćwiczeniach międzynarodowych na Bałtyku i poza nim. Jednostki 3 FO regularnie przeprowadzają również ćwiczenia na szczeblu flotylli, dywizjonów i grup. Wszyscy marynarze służący na okrętach i w innych jednostkach 3 FO corocznie przechodzą cykl szkolenia w miejscu bazowania oraz na poligonach morskich i lądowych.